I landsbyen Auning med kirke fra 1100-tallet blev der i 1742 oprettet en skole. Udviklingen i byen tog fart i anden halvdel af 1800-tallet. I 1856 fik byens befolkning tilladelse til at drive handel med produkter af enhver art fra bopælen. Det medførte en fremkomst af mange små forretninger, især langs landevejen mellem Randers og Grenaa, der blev nyindviet i 1864.
I 1876 fik Auning en station på den jernbanerute, som forbandt Randers og Grenaa. Området med nye huse omkring stationen og landevejen blev kaldt Ny Auning i modsætning til Gammel Auning, som bestod af den oprindelige landsby omkring kirken. Til at begynde med lå de to bydele et stykke fra hinanden, men med den fortsatte befolknings- og bebyggelsestilvækst voksede de hurtigt sammen til én sammenhængende by.
Jernbanen fik som følge, at arbejdspladser opstod, og indbyggere strømmede til. Store mængder tømmer fra Løvenholmskovene, forarbejdet på Auning Savværk, blev fragtet ud i landet med godstog. Samtidig med at jernbanen kom til Auning, åbnede Auning Gæstgivergaard.
Med de mange nye forretninger fra anden halvdel af 1800-tallet steg behovet for låne- og finansieringsmuligheder. Fausing-Auning Laane- og Sparekasse og Folkebanken for Rougsø og Sønderhald Herred blev oprettet i hhv. 1874 og 1906.
Indtil begyndelsen af 1900-tallet var landbruget den altdominerende indtægtskilde for Aunings beboere. Handelslivet udviklede sig imidlertid betydeligt i perioden fra jernbanens anlæggelse og til udbruddet af 1. Verdenskrig med bl.a. større og mindre købmænd, hørkramhandel, isenkram, manufaktur og boghandel. Efter 1. Verdenskrig begyndte Auningborgere i stigende omfang at foretage deres indkøb i Randers og Allingåbro, og der indtraf derfor en mindre stagnation i handelen i Auning. Efter 2. Verdenskrig kom der atter gang i den lokale handel, godt hjulpet af et aktivt handelsudvalg. I 1935 åbnede Auning Vandværk.
Også befolkningstallet voksede. Således steg indbyggertallet fra 1.049 i 1930 til 1.314 i 1960.
En af Aunings store virksomheder var Auning Møbel- & Madratsfabrik, som blev grundlagt i 1907. I 1943 blev den sprængt i luften; fabrikken havde handlet med tyskerne og var derfor et oplagt mål for sabotage. Fra foråret 1945 boede ca. 800 tyske flygtninge på skolerne, i missionshuset og i forsamlingshuset i Auning.
Indtil 1940’erne var bebyggelsen i Auning koncentreret omkring landevejen og tilførselsvejene til Gammel Auning. Efter 1940 blev bebyggelsen spredt mere jævnt ud. I 1967 lukkede Auning Andelsmejeri, der var oprettet i 1901.
Auning var frem til Strukturreformen i 2007 hovedby i Sønderhald Kommune, og byen fik et stort opland. Indbyggertallet voksede fra 1.516 i 1970 til 2.612 i 2007, og Auning blev en næsten cirkulær by med industri mod syd. Erhvervslivet blev præget af den grafiske branche, træindustrien, autobranchen og turisme.
Jernbanen Randers-Ryomgård blev nedlagt for persontrafik i 1971 og for godstransport i 1992. Indtil 2005 var der skinnecykelbane på det tidligere jernbanespor, herefter blev det omdannet til cykelsti. Byens næsten 400 år gamle hospital blev i 1977 kirkekontor.
Da Auning i 2007 blev en del af Norddjurs Kommune, blev den kommunens næststørste by efter Grenaa og udpeget til hovedby med særlig udviklingsstatus.
