Efter Reformationen mistede Børglum sin status af bispesæde, idet den nye protestantiske superintendent (biskop) for stiftet fik sæde i Aalborg. Klosteret blev gradvis lukket og overgik til kronen; den sidste omtale af kannikker, der boede på aftægt på klosteret, er fra 1559.
Børglum blev i første omgang omdannet til kongeligt lenssæde i 1540, indtil det i 1669 blev frasolgt kronen og blev en adelig herregård, begge dele fortsat under navnet Børglumkloster.
Klosterbygningerne var på det tidspunkt meget forfaldne, og ved en synsforretning i 1665 hed det, at tagene var så utætte, at man ikke kunne henstille en tønde korn nogetsteds, uden at den blev ødelagt. Det var altså nærmest en ruinhob, en af enevældens nye magtfulde mænd, kansleren Peder Reedtz, havde byttet sig til fra Frederik 3., og kanslerens søn, Christian Reedtz, der overtog Børglum i 1674, magtede da heller ikke at fastholde godset. Han gik fallit i 1689, hvorefter Børglum atter kom i kongehusets eje frem til 1716.
Efter at det havde været i Frederik Kiær de Kiærskiolds og Laurids de Thurahs besiddelse, indtog Jens de Poulson det gamle kloster i 1756 og styrede det med hård hånd. Han opnåede den tvivlsomme ære at være den første person i danmarkshistorien, der blev udsat for en brevbombe, afsendt af en rasende fæstebonde i 1764. »Helvedesmaskinen« sprang i godsejerens hænder, men han slap fra attentatet med forbrændinger. Bonden, Hejle Andersen, blev dødsdømt, men det lykkedes ham at flygte fra Aalborg Arrest.
Herregården blev i 1835 købt på auktion af jurist og senere medlem af stænderforsamlingen Christian Michael Rottbøll for 182.000 rigsdaler. I hans lange ejertid frem til 1894 blev Børglum udviklet til en moderne og intensivt drevet landbrugsbedrift. Børglums jordtilliggender blev kraftigt reduceret i 1900-tallets første tredjedel, men stamgodset ejes fortsat af Rottbøll-slægten, inklusive den gamle klosterkirke, der nu er en af tre sognekirker for Børglum Sogn.
Ved kirkens østgavl findes et mindesmærke for frihedskæmperen Chr. Michael Rottbøll, kaptajn i SOE (Special Operations Executive) i London. Han blev nedkastet over Jylland i april 1942 og i september sporet på sin illegale adresse i København. Her blev han under anholdelsen skudt på klos hold af dansk politi. Chr. Michael Rottbøll blev begravet i parken ved det fædrene gods d. 4. oktober 1942. Vingerne på Børglumkloster Mølle står altid i kors til minde om den danske modstandsmand, hvor de ellers normalt står i et X.