Børsen er bygget 1619‑23 på pæle på en dæmning med vand på begge sider, idet Slotsholmsgade dengang var kanal. Børsen blev bygget som varebod med kaj til begge sider, hvor skibene kunne losse deres varer. Den fungerede som varebørs til op i 1800-tallet.
Det 127 m lange bygningsværk i nederlandsk renæssance blev bygget for Christian 4. af Hans van Steenwinckel d.y.
Opførelsen var et af flere handelsfremmende initiativer iværksat af Christian 4. Fra begyndelsen af 1600-tallet erstattede han Københavns middelalderlige befæstning med bastionære volde af jord og foranliggende voldgrav. I befæstningen blev der etableret et havneareal ud for nutidens Magasin du Nord, så skibe kunne sejle op ad voldgraven og føre deres varer gennem en port i volden.
