Der har været flere møller langs Klokkedal Å siden middelalderen, bl.a. Nedermølle fra 1492 og Overmølle fra 1683. Boller Mølle blev opført i bindingsværk med skiferbeklædt tegltag i 1873 ved Boller Møllebæk, hvor den fungerede som kornmølle. Bækken blev opstemmet med en dæmning, og mellem dalsiderne dannedes en sø.
Der var afholdsrestauration ved møllen fra 1935 til 1962. Mølledriften ophørte i 1962, men møllehjulet, der er et overfaldshjul, stigbordet og malekarmen er bevaret. Der er også stadig mølledam og vandføring.
Boller Mølle ejes af staten og anvendes til beboelse.
