I Brøndby Kommune ligger toppen af de prækvartære lag, dvs. lag, der er ældre end 2,6 mio. år, i dybder på 2‑10 m. De prækvartære lag består af skrivekridt fra Kridttiden, som dækkes af lag af kalksten fra Danien. Mod vest har lagene af danienkalk overvejende tykkelser på 25‑50 m, om end de stedvis kun er 10‑15 m tykke. I syd varierer tykkelsen mere, men når længst mod syd tykkelser på 25‑40 m.
Over de prækvartære lag findes aflejringer, som blev afsat af is og smeltevand under sidste istid. Istidsaflejringerne består hovedsagelig af tynde lag af moræneler, som visse steder er aflejret oven på lag af smeltevandssand og -grus. Langs kysten ud mod Køge Bugt findes desuden tynde marine lag af sand og ler, der er aflejret i tiden efter sidste istid.
Kommunen indvinder grundvand fra lagene af danienkalk og skrivekridt.
