Det danske landområde er blevet skabt gennem mange tusind år, og der har været meget store skift i klimaet igennem årtusinderne. De helt overordnede klimatiske forandringer har været skiftet mellem istider og mellemistider. Sådanne skift har fundet sted gennem den seneste million år, og de er primært forårsaget af, at Jordens bane omkring Solen forandres, fordi de øvrige planeters tyngdekraft trækker i Jorden.
Under den forrige istid, Saale, var hele det nuværende danske område dækket af kilometertykke isformationer. Perioden sluttede for 130.000 år siden og afløstes af en mellemistid, Eem. Iskerneboringer fra Grønland viser, at Eem Mellemistid var op til 5 grader varmere end i dag, men også at Grønlands iskappe ikke helt smeltede bort. Afsmeltningen af isen betød stigende vandstand, således at det nuværende Vendsyssel lå under vand. Den varmeste periode under Eem Mellemistid var de første 3.000‑5.000 år, hvorefter det gradvis blev koldere indtil den næste og seneste istid, Weichsel, begyndte for ca. 115.000 år siden. Eem Mellemistid varede således kun ca. 15.000 år.
Meget af det danske landskab blev formet under Weichsel. Klimaet var naturligvis koldt, men med mildere perioder, hvor isen smeltede tilbage og efterlod et slettelandskab.
Den sidste og koldeste periode af istiden, Senglacial, begyndte for ca. 25.000 år siden. Isen nåede frem til Hovedstilstandslinjen og smeltede herefter langsomt tilbage.
Efter den milde Bøllingtid for 14.700-14.050 år siden blev det igen koldere i et par hundrede år.
Allerødtid (13.900‑12.600 år før nu) var varmere end Bøllingtid. Den gav mulighed for bosættelser indtil Weichsel-istidens sidste krampetrækning, en kold periode kaldet Yngre Dryas, der varede frem til for ca. 11.700 år siden, hvor istiden sluttede. Nu smeltede gletsjerne tilbage og sendte smeltevand ud i havet, hvor vandstanden begyndte at stige.
Hver gang der kom en mild periode, som Bølling og Allerød, blev der sendt smeltevand ud i havet, som med stor sandsynlighed påvirkede havstrømmene. Ændringer af disse spiller en helt central rolle, for strømmene er vigtige for klimaet, idet de sørger for udveksling af varme fra syd og kulde fra nord. Hvis ikke den udveksling fandt sted, ville temperaturforskellen mellem ækvator og polerne være markant større.
De formodede ændrede havstrømme kan have været årsag til, at en mild periode ikke kunne holde ved, og at kulden vendte tilbage. En anden teori er, at der kom flere arealer med skov, der trak CO2 ud af atmosfæren og derved mindskede drivhuseffekten med en faldende temperatur som resultat.
