Med 589 søer på mindst 100 m2 er Odder en søfattig kommune. Tilsammen dækker søerne 60 ha, hvilket svarer til knap 0,3 % af kommunens areal. De få søer er små, og kun enkelte gamle tørvemoser og mergelgrave har vandflader, der kan måles i hektar.
Derudover huser kommunen 58 km offentlige og ca. 220 km private vandløb. Som søerne er også vandløbene beskedne, og kun Odder Å, Stampemølle Bæk, Rævså og Åkær Å kan kaldes større vandløb. Dertil kommer de talrige kanaler og drængrøfter, som gennemskærer den landbrugstunge kommune. For at reducere udledningen af næringsstoffer har adskillige landmænd anlagt såkaldte minivådområder for enden af deres hoveddræn. Her samles drænvandet fra et større areal og ledes gennem bassiner, hvor fosfor bundfældes, og bakterier omdanner nitrat til frit kvælstof.
