Vejen Kommune ligger på kanten af Det Store Vandskel, som dannes af Den Jyske Højderyg. Det betyder, at selv om hovedparten af kommunens vandløb afvander til Vadehavet i vest, er der også nogle få, som afvander til Lillebælt i øst.
Tilsammen rummer kommunen 2.930 km vandløb, hvoraf 550 km er offentlige. Omkring 20 % af vandløbene er i god tilstand med rent vand og fri passage for fisk og smådyr. Sammen med en forbedret spildevandsrensning udgør netop fjernelsen af spærringer en væsentlig del af kommunens indsats for at opfylde de statslige vandplaner. Som en konsekvens heraf er antallet af aktive dambrug i kommunen halveret fra 16 til 8 i perioden 2007‑19.
Derudover rummer Vejen Kommune 2.175 søer på mindst 100 m2. Tilsammen dækker de ca. 363 ha, svarende til blot 0,4 % af kommunens areal. Størstedelen er småsøer og vandhuller, hvilket forklarer det lille søareal. Blandt kommunens største søer er Jelssøerne og Skærsø, som alle er omfattet af de statslige vandplaner. Søerne er dog næringsbelastede, og for at forbedre deres miljøtilstand er der iværksat tiltag som forbedret spildevandsrensning, udlægning af randzoner samt etablering af fosfor-vådområder.
