Den øverste del af de prækvartære lag, dvs. de lag, som er ældre end 2,6 mio. år, består i Dragør Kommune af kalksten fra Danien. Fra Søvang mod sydvest ligger danienkalken i en dybde på 5‑10 m og når en tykkelse på mindst 35 m. Tykkelsen falder til mindst 30 m i området fra Søvang mod nordøst, hvor toppen af danienkalken ligger i 10‑20 m’s dybde.
Oven på de prækvartære lag findes aflejringer, som blev afsat af is og smeltevand under sidste istid. Istidsaflejringerne er op til 15 m tykke. I sydvest består de udelukkende af moræneler, mens de omkring Dragør udgøres af smeltevandssand og -grus, som overlejres af moræneler. Langs kysten og i næsten hele den vestlige del af kommunen finder man desuden tynde lag af havaflejret sand og ler, som blev afsat i tiden efter sidste istid.
Kommunen indvinder grundvand fra lagene af danienkalk.
