Ebeltoft er Syddjurs Kommunes eneste middelalderlige købstad. Den er formentlig er opstået i tidlig middelalder omkring den naturlige havn i Ebeltoft Vig. Byens tidlige historie er dårlig belyst, idet der ikke er gjort betydningsfulde fund af bebyggelse, og det eneste arkæologiske holdepunkt er et kulturlag dateret til 1300-tallet, som er fundet ved en mindre undersøgelse ved Skansen.
Kong Erik Menved skænkede byen købstadsprivilegier d. 21. januar 1301, og det er her, Ebeltoft nævnes første gang. Beboerne fik da ret til at holde torvedag en dag om ugen og til at hente brændsel i de kongelige skove. I 1317 fik købstaden nye rettigheder, der svarede til dem for Viborg og Aarhus, men det er først med privilegierne fra 1443, at byen omtales som købstad. I løbet af middelalderen var en del jord delt mellem biskop og konge. Ebeltoft Kirke nævnes første gang i 1458, hvor den blev kaldt kapel. Et byting nævnes i 1430, og en borgmester i 1479. I 1400-tallet blev byen pantsat og skødet til lensmanden på Kalø, Otte Nielsen Rosenkrantz, men omkring år 1500 blev den igen kongelig ejendom.
Efter Reformationen overgik biskoppens jord til kongen. Ebeltoft fik en latinskole i 1558, men den blev nedlagt i 1739. 1600-tallet tog hårdt på byen. Der var pest 1619‑20, brandbeskatning og krig 1627‑29 og krige igen i årene 1643‑45 og 1657‑60. Krigene gjorde det svært at genopbygge byen. I 1672 var der 817 indbyggere, hvilket betød, at Ebeltoft var den 11.-største by nord for Kongeåen.
Under Karl Gustav-krigene fandt et søslag sted i havnen i 1659, hvorunder Ebeltoft mistede mange skibe. Havnen var byens livsnerve, men storme, oversvømmelser og manglende vedligeholdelse satte deres spor. Ca. 1754‑55 blev der dog anlagt en skibsbro. Fra slutningen af 1700-tallet var den atter i ringe stand. Byfoged Johan Christian Wibe Stockfleth sørgede i årene 1821‑31 for anlæggelsen af en ny havn. Fra 1840 var der betydelig byggeaktivitet, og i denne periode blev hovedparten af byens grundmurede huse opført.
Byens nye rådhus er opført på Torvet. Det gamle rådhus fra 1789 er i to stokværk, og det rummede bl.a. byrådssal og retssal, og der var bolig til arrestforvareren og plads til ni indsatte.
I 1600-tallet havde Ebeltoft væsentlig søfart, bl.a. udskibning af tømmer fra de kongelige skove på Djursland, og der var indbringende sejlads til Bergen. Da byen var på sit højeste, var der 30 skibe. Under Store Nordiske Krig 1700‑20 gik det tilbage for byen, der havde 18 skibe i 1711. I 1798 var der to skibe tilbage.
I årene efter 1770 gik flere af byens købmænd fallit, men selv om Ebeltoft kæmpede med dårlig økonomi, blev der bl.a. anlagt torveplads vest for rådhuset og et nyt rådhus i 1789. Byfoged Christen Fellumb beskrev i 1797 byen som fattig med ringe avl, ingen fabrikker, intet handelsfiskeri og kun ussel købmandsvirksomhed. Nogle købmænd var der dog; de boede fortrinsvis i den nordlige ende af byen, hvor de var tæt på bønderne, der kom ind fra Mols og det sydlige Djursland.
Statsbankerotten i 1813 ramte Ebeltoft hårdt, og et par købmænd bukkede under. I 1820’erne oplevede byen en opblomstring, og der kom nye købmænd til. Hvor der i 1801 var 598 indbyggere i byen, var tallet i 1840 steget til 929.
I perioden 1850‑1901 voksede Ebeltofts indbyggertal fra 1.112 til 1.467. Handel og skibsfart spillede stadig en vigtig rolle for byen, og det samme var tilfældet for fiskeriet. Der blev afsat torsk, rødspætter og makrel i bl.a. København og Aalborg. Der var også en del jordbrugere i byen, og i 1901 omfattede købstadsjorderne ca. 990 ha. Der var kun en svag industriel udvikling, indtil Ebeltoft i 1901 blev forbundet med jernbane, hvorefter et opsving kan anes. I 1903 blev der etableret et andelssvineslagteri, i 1905 et andelsmejeri, og i 1919 åbnede en brugsforening. Tuberkulosesygehuset blev oprettet i 1908, og Amtssygehuset (oprettet 1864) flyttede i 1916 til nye bygninger.
I 1868 fik byen en forening til folkeoplysning og underholdning. Dens bogsamling omtales første gang i 1873 og var forløberen for byens bibliotek. I 1885 opførtes et badehusanlæg, der skulle lokke turister til. Selv om det fik en kort levetid, var grundstenen til byens senere turisme lagt. Turistforeningen blev dannet i 1906, og i 1917 blev det første turistbureau åbnet i byens boghandel.
Ebeltoft valgte i 1919 at koble sig på områdets elforsyning. Som konsekvens af store brande i århundredets begyndelse blev byens brandkorps stiftet i 1920. I 1940’erne blev der anlagt en vej uden om byen, der skulle skåne den gamle bykerne for tung trafik. Det lykkedes ikke at få meget industri til Ebeltoft, men til gengæld var der en støt voksende turisme. Dampskibsruterne til København og Aarhus blev nedlagt i hhv. 1921 og 1935, og havnens betydning for handel blev gradvis overtaget af jernbanen. En moderne havn blev anlagt i 1966 syd for Ebeltoft og sikrede god forbindelse til Sjælland. Fregatten Jylland blev opankret i 1960 og blev dels en turistattraktion, dels et af byens vartegn. Molslinjen fik stor betydning for byens turisme og til dels udvikling, da den stigende privatbilisme bl.a. krævede servicestationer. Indbyggertallet voksede fra 1.897 i 1930 til 2.485 i 1965.
Fra 1970 havde Ebeltoft en betydelig befolkningstilvækst. I 2007 havde byen 5.839 indbyggere, og langs vigen kom ferieboliger. Som følge af bl.a. de mange fredede og rekreative områder er erhvervsudviklingen primært foregået inden for turist- og konferenceområdet. Eksempelvis åbnede Ebeltoft Skudehavn i 1976 og Glasmuseet i 1986.
Fiskeriet ophørte stort set, og erhvervslivet var præget af småindustrier og håndværk. Sygehuset lukkede i 1988 og blev til sundhedscenter. Danmarks første privathospital, Mermaid Clinic, eksisterede 1989‑94. I 1993 blev Den Europæiske Filmhøjskole oprettet i byen.
