Den nordlige, lavvandede del af Nissum Fjord kaldes Bøvling Fjord og adskilles fra Vesterhavet af Bøvling Klit. Landskabet rundt om hele Bøvling Fjord består af flade, vidtstrakte strandenge. Bag strandengene i det nordøstlige hjørne af Bøvling Fjord samt på Krogshede Enge øst for fjorden og videre langs nordsiden af Indfjorden findes desuden store områder med ferske enge.
På strandengene vokser bl.a. slangetunge, majgøgeurt, purpurgøgeurt, smalbladet kæruld, harril, firkløft og strandasters samt trævlekrone, der om sommeren næsten kan farve de kystnære områder helt lyserøde. Langs bredden af Indfjorden kan man desuden finde den sjældne alm. søpryd.
Området er især kendt for sit rige fugleliv. Således yngler gråand, gravand, grågås, strandskade, klyde, stor præstekrave, vibe, alm. ryle, dobbeltbekkasin, stor kobbersneppe og rødben på strandengene, mens rørskovene ved Indfjorden er ynglested for bl.a. rørdrum og rørhøg. Derudover fungerer både engene og Bøvling Fjord som rasteplads for en række forskellige ande- og vadefugle. Tidligere var fjorden også en vigtig rasteplads for lysbuget knortegås, men pga. ålegræssets og havgræssernes voldsomme tilbagegang har de i dag flyttet sig til engene og markerne omkring fjorden, hvor de fouragerer sammen med flokke af bramgæs, grågæs og kortnæbbede gæs.
Krogshede Enge blev fredet i 1975, mens kysten langs den nordvestlige del af Bøvling Fjord blev fredet i 1984. Indfjorden og hele Nissum Fjord er udpeget som vildtreservat. Derudover indgår hele Nissum Fjord i et stort habitat-, fuglebeskyttelses- og Ramsarområde.
