Geografisk set er Faaborg-Midtfyn en stor kommune, og den rummer flere koncentrationer af erhvervsvirksomheder. Mod syd er det i og omkring Faaborg, hvor erhvervslivet er præget af handel og turisme. Mod nordøst er det ved Ringe, der er præget af industri og ligger tæt på motorvejsnettet.
Flere af de største virksomheder ligger imidlertid i mindre byer rundtom i kommunen. Marius Pedersen Holding A/S og Dansk Træemballage Holding A/S har en omsætning på hhv. omkring 3 mia. og 1 mia. kr. og har hovedsæde i hhv. Ferritslev og Håstrup.
I lighed med de fleste andre kommuner blev Faaborg-Midtfyn også ramt af finanskrisen fra 2008. I kølvandet på krisen mistede kommunen ca. 3.300 arbejdspladser, svarende til et fald på ca. 16 %. Ingen brancher gik fri af nedgangen, men hårdest ramt blev industrien. Bunden blev først nået i 2016. Siden er beskæftigelsen steget lidt, men endnu i november 2019 var der i kommunen ca. 3.000 færre arbejdspladser end før finanskrisen.
Der er færre arbejdspladser end erhvervsaktive i kommunen. Især i den nordlige del er der en omfattende pendling til arbejdspladser i Odense Kommune. BNP pr. indbygger var i 2018 godt 14 % lavere end i højkonjunkturåret 2007. Da BNP pr. indbygger i samme periode steg på landsplan, blev niveauet i Faaborg-Midtfyn Kommune ca. 38 % lavere i 2018 end på landsplan. Medvirkende til det lave niveau er, at pendlernes produktion tæller med i den kommune, hvor arbejdspladsen ligger.