Arbejdsmarkedet i Faxe Kommune er præget af en omfattende pendling på tværs af kommunegrænsen. Omkring to tredjedele af de beskæftigede med bopæl i kommunen har deres arbejdsplads i andre kommuner.
Samtidig er kommunen hjemsted for flere store virksomheder. Danmarks næststørste bryggerikoncern, Royal Unibrew, har sit hovedkvarter i byen Faxe. Hertil kommer to store andelsejede virksomheder: Danish Agro, der er blevet en international virksomhed, men fortsat har hovedsæde i Karise, og kommunens største private arbejdsplads, en stor afdeling af koncernen Andel – tidligere kendt som andelsselskabet SEAS‑NVE – der ligger i Haslev.
Kommunens to største erhvervsområder er i hhv. Haslev vest for Sydmotorvejen, der gennemskærer kommunen, og i Faxe øst for motorvejen. Hertil kommer en udbygning af nye erhvervsområder i Rønnede, ligeledes tæt på motorvejen.
Faxe Kommune mistede næsten 2.000 arbejdspladser i kølvandet på finanskrisen fra 2008, svarende til en nedgang på ca. 15 %. Frem til november 2019 var det kun lykkedes at genvinde knap halvdelen af det tabte. Især er nedgangen gået ud over industrien, transport og bygge og anlægsbrancherne.