Kerteminde Kommune er den fynske kommune, hvor industrien i 2019 med 27,7 % udgjorde den største andel af beskæftigelsen. Den høje andel er bemærkelsesværdig i forhold til det store antal arbejdspladser, der blev nedlagt, da kommunens største virksomhed, Lindøværftet, blev afviklet i årene 2009‑12.
Den største del af erhvervslivet er koncentreret i og omkring de tre byer Kerteminde, Langeskov og Munkebo. Ved Munkebo er det tidligere værfts område blevet en alsidig industripark. Ved Langeskov i kommunens sydligste del ligger en række større virksomheder ud til motorvej E20.
I lighed med de fleste andre kommuner blev Kerteminde ud over værftslukningen også ramt af finanskrisen fra 2008. Fra 2008 og frem til slutningen af 2012 mistede kommunen ca. 3.400 arbejdspladser, hvilket svarer til et fald på godt 30 %. Det store tab var i november 2019 endnu ikke genvundet.