En række traditionsrige virksomheder med lokal forankring præger erhvervslivet i Morsø Kommune. Landbrug og industri udgør en væsentlig større andel af beskæftigelsen end i landet som helhed.
Fødevaresektoren udgør den største samlede klynge inden for de private erhverv, men Mors rummer også en stribe større virksomheder inden for træ-, møbel- og maskinindustrien. Kommunen er øens største arbejdsgiver med ca. 1.700 medarbejdere. Blandt de ældste virksomheder finder man Skamol A/S, der producerer højtemperaturisoleringsmaterialer, Morsø Jernstøberi A/S og muslingeproducenten Vilsund Blue A/S. På turistområdet er den primære drivkraft Jesperhus Feriepark.
De vigtigste industriområder ligger i kommunens hovedby, Nykøbing M. De er især lokaliseret i byens nordlige udkant og i forbindelse med Morsø Food Park ved Erslev.
I årene efter finanskrisen 2008-09 oplevede Morsø Kommune i lighed med resten af landet et dyk i antallet af arbejdspladser. Et større tilbageslag var lukningen af møbelvirksomheden Bodilsen, der bl.a. var underleverandør til IKEA. Bodilsen var i en årrække øens største arbejdsplads, men gik konkurs i juni 2009. Det kostede 430 job i Danmark, de fleste på Mors.
Samlet er beskæftigelsen på arbejdsstederne i kommunen faldet med ca. 1.400 fra 2008 til 2015. Det store fald kom i årene 2008-09. Med et samlet minus på 14 % har faldet været væsentlig større end det tilsvarende minus på 7 % for regionen og på 4 % for hele landet.
En del af den faldende beskæftigelse skyldes den større andel af pensionister. Ledigheden var således i 2015 lavere end på landsplan.
BNP-opgørelsen af den samlede økonomiske aktivitet har siden år 2000 vist store udsving. BNP pr. indbygger steg markant i højkonjunkturårene frem til 2007 og er efter det store fald i kriseårene fortsat under niveauet fra år 2000 (se figur).
Den gennemsnitlige personlige indkomst før skat er en af de laveste blandt landets kommuner.