Den største del af erhvervsvirksomhederne i kommunen ligger i Nyborg, der samtidig er hjemsted for større statslige og regionale arbejdspladser. Den offentlige sektor er større end i de fleste andre kommuner, hvilket især skyldes mange kommunale og regionale arbejdspladser i socialsektoren.
Nyborgs placering tæt ved Storebæltsforbindelsen gør den velegnet som mødested, og i og omkring byen ligger flere store konferencecentre og hoteller. Siden Storebæltsforbindelsens indvielse er området omkring motorvejen samtidig hjemsted for store rastepladser. I 2019 blev broen passeret af over 36.000 køretøjer i døgnet.
I lighed med de fleste andre kommuner blev Nyborg Kommune også ramt af finanskrisen i 2008, men i noget mindre grad end nabokommunerne. I perioden frem til 2016 mistede kommunen ca. 1.300 arbejdspladser, og endnu i november 2019 var det tabte ikke genvundet.