Eskilsø ligger i Roskilde Fjord sydvest for Jyllinge og er med sine 139 ha fjordens og samtidig Frederikssund Kommunes største ø. Den ejes af Erick og Ingrid Struckmanns Naturfredningsfond, hvis hovedformål er naturbeskyttelse. Det afspejler sig i forvaltningen. Således blev den sidste del af øens landbrug nedlagt i 2005, så Eskilsø med tiden kan udvikle sig til et stort, kvæggræsset landskab med jævne overgange mellem strandenge, ferske enge og overdrev. Al fuglejagt på og ved øen er ophørt, og for at sikre fred til ynglefuglene, navnlig vadefugle som rødben, vibe og klyde samt hættemåge og terner, tilstræbes det at holde øen fri for ræve. For at give fugle ro i yngletiden er der adgangsforbud på den sydøstlige del af Eskilsø fra d. 1. april til d. 15. juli.
Sammen med bl.a. Øksneholm, Kølholm og Jyllinge Holme indgår Eskilsø i fredningen af øer i Roskilde Fjord fra 1985, ligesom den er en del af habitatområdet Roskilde Fjord og fuglebeskyttelsesområdet Roskilde Fjord, Kattinge Vig og Kattinge Sø.
Eskilsø og Hornsherred set fra sydøst på en klar vinterdag, hvor isen langsomt breder sig ud i Roskilde Fjord. Mens øens højeste dele blev dannet under sidste istid, består kysterne af gammel, hævet havbund. De dækkes i dag af vidtstrakte strandenge, som oversvømmes, når storme fra nordvest hæver vandstanden i fjorden.
