For enden af den imponerende Grejs Ådal, i en lavning lige syd for Jelling, ligger den 99 ha store Fårup Sø, som med en gennemsnitsdybde på 5,6 m og en størstedybde på 11,1 m er kommunens dybeste sø. Fårup Sø har et forholdsvis beskedent opland på 1.376 ha og modtager i stedet ca. to tredjedele af sit vand fra kilder i eller omkring søen. Den har afløb i øst via Grejs Å, som også har sit udspring her.
Søen omgives af en række forskellige naturtyper og landskaber. I sydvest ligger mose- og engområdet Ollerup Kær, på søens nordside veksler højstammet bøgeskov med ellesump, mens skråningerne på sydsiden overvejende dækkes af overdrev.
Som mange andre søer er også Fårup Sø belastet af næringsstoffer, som tilføres fra det omgivende landbrugsland, dambrug og boligområder, og i mange år var søen plaget af algeopblomstringer i sommerhalvåret. Det ændrede sig dog i slutningen af 1990’erne, da den invasive vandremusling etablerede sig i søen. Antallet af muslinger voksede eksplosivt, og allerede i år 2000 blev det anslået, at der var ca. 1,3 mia. vandremuslinger på bunden af Fårup Sø. De små muslinger ernærer sig ved at filtrere især alger fra vandet, og i Fårup Sø betød det, at vandet pludselig blev usædvanlig klart. Hvor sigtdybden i 1989 lå på 1,94 m, var den i år 2000 steget til hele 3,20 m. Vandremuslingerne har dog ikke kun positive effekter. Eksempelvis kan de udkonkurrere de naturligt hjemmehørende muslinger og forhindre vandplanterne i at få rodfæste. Samtidig har man i Fårup Sø oplevet, at en periodevis nedgang i mængden af muslinger har ført til iltfrie forhold ved bunden, frigivelse af fosfor og dermed øget algevækst og uklart vand.
Ud over de mange vandremuslinger rummer Fårup Sø også en forholdsvis stor fiskebestand, der bl.a. omfatter aborre, skalle, brasen, gedde, søørred og ål. Også fuglene kan være talrige, og på og omkring søen er der iagttaget næsten 140 forskellige arter. De fleste fugle ses om vinteren, hvor bl.a. stor skallesluger, troldand, hvinand, gråand og blishøne benytter søen som overvintringsplads. Fårup Sø indgår i habitatområdet Øvre Grejs Ådal.
