Fanø er den nordligste af Vadehavets barriereøer, som beskytter den jyske Vadehavskyst mod Vesterhavets bølger. Landskabet på øen er ungt og blev først dannet, da sidste istids store gletsjere var forsvundet fra Danmark. I stedet for is og smeltevand er det næsten udelukkende bølgernes, tidevandets og vindens transport og aflejring af grus, sand og ler, som har skabt øens landskab. Langs vestkysten findes en sandstrand, hvis bredde varierer med tidevandets rytme, og ved lavvande ses ofte en eller flere flade sandrevler parallelt med strandens tørre dele. Længere væk fra havet hæver stranden sig, og på den inderste del af kysten længst mod øst kan man se de første, spæde klitdannelser. Her fanger spredte tuer af bl.a. sandhjælme og marehalm det fygesand, der transporteres med vinden fra vest mod øst. Med tiden udvikler de små tueklitter sig til sammenhængende klitrygge, der vokser, i takt med at havet fører sand til kysten. Det får Fanø til gradvis at vokse mod vest.
Umiddelbart øst for stranden domineres landskabet af kystparallelle klitrygge, som adskilles af mellemliggende lavvandede småsøer og vådbundsjorde. Den største af disse klitrygge er Havside Bjerge, som med en højde på 27 m.o.h. udgør kommunens højeste punkt. Mod nord buer klitryggene mod øst, og afstanden mellem dem vokser. De ældste klitrygge blev dannet for 250‑300 år siden, mens de yngste rygge tættest på havet blot er 5‑10 år gamle.
På den centrale og østlige del af øen skifter klitlandskabet karakter. Fra at bestå af nordvest-sydøst-orienterede klitter bliver de til U-formede parabelklitter, hvis »arme« peger mod vest. Inden vegetation stabiliserede parabelklitterne, vandrede de mod øst, drevet af vinden, som langt overvejende kommer fra vest. Det betød, at klitterne vandrede hen over de lavtliggende marskområder, som udgør Fanøs østkyst, og endte i Vadehavet mod øst.
