Albertslund Kommune har 76 søer med et areal på mindst 100 m2. Tilsammen dækker de 20 ha, svarende til knap 1 % af kommunens areal. Langt de fleste af søerne er udgravet i forbindelse med etablering af naturområder eller anlagt som regnvandsbassiner. De største søer er Stensøen og Tueholmsøen, hvoraf sidstnævnte deles med både Vallensbæk og Høje-Taastrup Kommuner. Vandkvaliteten i især regnvandsbassinerne varierer meget, og generelt lider søerne under en for høj næringsbelastning. Enkelte mindre søer kan dog fremvise et ret artsrigt planteliv, og i fx Stuekær syd for Risby kan man finde den forholdsvis sjældne levermos flydende skælløv. De permanente søer har gode bestande af bl.a. gedde, aborre og karusse, ligesom de om vinteren er rasteplads for forskellige svømmefugle.
Ud over flere mindre grøfter har kommunen blot tre egentlige vandløb: Store Vejleå og Risby Å samt Harrestrup Å med tilløbet Bymose Rende. Alle tre vandløb har i tørre perioder problemer med at opretholde vandføringen. Alligevel er Store Vejleå på strækningen nord for Vallensbæk Mose målsat som gyde- og opvækstområde for laksefisk, mens de to øvrige overvejende er levested for karpefisk.
