I Allerød Kommune findes der 556 søer på mindst 100 m2. Tilsammen dækker de et areal på 240 ha, hvilket svarer til ca. 3,5 % af kommunens areal. Langt de fleste søer er små. Af de søer, hvis hele areal ligger inden for kommunegrænsen, er Bastrup Sø på 32 ha den største. Derimod må Allerød Kommune dele Buresø på 76 ha og Sjælsø på 293 ha med nabokommunerne.
Derudover har kommunen 66 km beskyttede vandløb. Selv om tilstanden er god i størstedelen af Mølleå og i en del af Lynge Å, er mange af vandløbene i en ret dårlig tilstand med ringe fysiske forhold. Ændring af bundforholdene, udlægning af gydebanker og etablering af stryg for passage af ørred og ål har dog forbedret forholdene i bl.a. Vassingerødløbet og Kollerød Å.
