Ballerup Kommune har 221 søer på mindst 100 m2. Tilsammen dækker de 83 ha, svarende til ca. 2,4 % af kommunens areal. Søerne består overvejende af småsøer og moser med åbne vandflader samt de regnvandsbassiner, som ligger i tilknytning til vandløbene.
Jonstrup Å og Harrestrup Å er de største vandløb i Ballerup Kommune og løber begge langs kommunegrænsen på hele eller det meste af deres løb. Kun den ca. 1,5 km lange Måløv Å og den ca. 2,1 km lange Råmose Å har hele deres løb inden for kommunegrænsen. Ligesom kommunens øvrige vandløb er de små og har ringe vandføring i sommerhalvåret.
