Med blot 25 søer på mindst 100 m2er Brøndby en ret søfattig kommune. Tilsammen har de et areal på 57 ha, svarende til 2,7 % af kommunens areal. Langt hovedparten af det samlede søareal udgøres af lagunesøerne, som blev anlagt i forbindelse med etableringen af Strandparken 1977‑79. De omfatter Ringebæk Sø og Stubbe Sø, begge på ca. 16 ha, Maglebæk Sø på ca. 10 ha og Holmesø på ca. 20 ha. Ringebæk Sø deles dog med Vallensbæk Kommune, og kun ca. 6,8 ha af søen ligger i Brøndby Kommune. Resten af søerne er småsøer og vandhuller.
Med undtagelse af Fæstningskanalen er der ikke længere nogen større åbne vandløbsstrækninger i Brøndby Kommune. Tidligere åer og vandløb som Rosenå og Hvissinge Rende er i dag rørlagte og indgår i kommunens kloakeringssystem. Regnvand afledes til bl.a. Bækrenden, der fører vandet videre gennem Vallensbæk Kommune til Store Vejleå, samt til Harrestrup Å uden for kommunen.
