Der er registreret 54 søer på mindst 100 m2 i Dragør Kommune. Tilsammen dækker de 28 ha, hvilket svarer til blot 1,5 % af kommunens areal. Mange af søerne ligger på de tidvis oversvømmede strandenge, og såvel antal som areal skal derfor tages med et vist forbehold, da de i nogen grad afhænger af årstid og vejrforhold.
Kommunen har ingen naturlige vandløb. Til gengæld gennemskæres den ligesom resten af Amager af talrige kanaler og grøfter, som afvander øen. Blandt de største kanaler er Hovedgrøften, som følger grænsen til Tårnby Kommune sydpå fra omkring Englodsvej, indtil den drejer mod sydøst ved Baggersmindelejren og fortsætter til udløbet mellem Søvang og Sydstranden. Andre større kanaler er kanalen langs Kongelundens gamle nordgrænse samt kanalen, der løber parallelt med Sydstranden lige syd for Søndre Strandvej.
