Der er 1.355 søer på mindst 100 m2i Favrskov Kommune. Tilsammen dækker de 312 ha, hvilket svarer til ca. 0,6 % af kommunens areal. Det gør Favrskov til en forholdsvis søfattig kommune. Langt de fleste søer er småsøer og vandhuller, og kun Lading Sø, Søbygård Sø, Sølvsten Damme og Tange Sø er større end 5 ha. Af sidstnævnte er det dog kun den øverste, sydøstlige ende, som når ind i kommunen.
I Favrskov Kommune findes der i alt 850 km åbne vandløb. Langt størstedelen af vandløbene afvander til Gudenå og dermed Randers Fjord, mens kun 3 % af kommunens areal afvandes til Århus Bugt via Egå og Århus Å. Mange af vandløbene danner grænse til andre kommuner. Således danner Nørreå og Alling Å grænse til Randers Kommune, Gjern Å danner grænse til Silkeborg Kommune, mens Gudenå danner grænse til både Silkeborg, Viborg og Randers Kommuner.
Vandløbenes tilstand er generelt god med rent vand og varierede fysiske forhold. Særlig fine, naturlige løb ses bl.a. i Granslev Å, Borre Å og Gelbæk. Alle tre har en høj diversitet af smådyr, og de to førstnævnte er fx levested for den forholdsvis sjældne stor slørvinge. En del vandløb er dog påvirket af sandvandring. Det fine sand gør vandløbenes levesteder mere ensartede og fattigere på smådyr og planter. Sandet indlejres desuden i fiskenes gydebanker, hvor det nedsætter iltindholdet og øger dødeligheden blandt æggene.