Fredensborg Kommune er en forholdsvis sørig kommune. Der er 924 søer på mindst 100 m2. De dækker tilsammen et areal på 717 ha, hvilket svarer til 6,4 % af kommunens areal. Kommunen har kun få større søer. Den største er Esrum Sø, som kommunen dog må dele med Gribskov, Helsingør og Hillerød Kommuner. Dertil kommer de kunstige Lergravssøerne ved Nivå og Store Donse Dam i Tokkekøb Hegn. Langt de fleste søer i kommunen er småsøer og vandhuller. De er vigtige ynglesteder for flere paddearter og levested for et stort antal insekter. I enkelte vandhuller findes den sjældne og fredede grøn mosaikguldsmed, som er ansvarsart for Fredensborg Kommune. Grøn mosaikguldsmed adskiller sig fra andre danske guldsmede ved næsten udelukkende at lægge æg på vandplanten krebseklo.
Ud over søerne har Fredensborg Kommune også ca. 62 km offentlige vandløb, hvoraf de ca. 15 km er rørlagte. Desuden er der et stort antal private småvandløb og grøfter, som sammen med de offentlige vandløb giver kommunen en samlet vandløbslængde på 171 km. Det største vandløbssystem er Nivå-Langstrup-Usserød Åer, som har udløb i Øresund. De fleste vandløb er helt eller delvis regulerede. Gennem de senere år er nogle af de rørlagte strækninger dog blevet frilagt, og 2000‑02 fik Usserød Å genskabt sine slyngninger. Vandkvaliteten er stadig ringe i flere vandløb, som også lider under dårlige fysiske forhold. Derudover har de mindre vandløb ofte en svingende vandføring og kan i nedbørsfattige somre tørre helt ud.
