Furesø Kommune har 401 søer på mindst 100 m2. Tilsammen dækker de 696 ha, hvilket svarer til ca. 12 % af kommunens areal. Heraf tegner Furesø, Farum Sø og Søndersø sig for langt den største andel. Furesø er den største af de tre, om end kommunen må dele den store sø med nabokommunerne i øst.
Et vandskel går gennem den sydlige halvdel af kommunen, hvilket betyder, at vandløbene enten afvander til Øresund i øst eller til Roskilde Fjord i vest. Mølleå, som afvander hele den nordlige del af kommunen, løber eksempelvis til Øresund, mens Værebro Å i den sydlige del af kommunen løber til Roskilde Fjord. Da Mølleå løber gennem både Farum Sø og Furesø på sin vej mod sydøst, har den kun karakter af vandløb på ganske korte strækninger. Bortset fra en kort strækning i Jonstrup er Værebro Å derimod et åbent vandløb på hele sit løb gennem kommunen, efter at et tidligere rørlagt forløb under Flyvestation Værløse i 2017 blev omlagt øst om startbanen. Åen, som bærer navnet Tibberup Å på den første del af sit løb, siden skifter navn til Jonstrup Å og først lige efter Flyvestation Værløse bliver til Værebro Å, afvander sammen med sit tilløb Bundså næsten hele den sydlige del af kommunen.
