Gribskov Kommune har 1.544 søer på mindst 100 m2, hvoraf kun 31 er større end 1 ha, og fem er større end 5 ha. De dækker tilsammen 2.415 ha, svarende til 8,6 % af kommunens areal. De dele af Arresø og Esrum Sø, som ligger i Gribskov Kommune, dækker tilsammen ca. 1.700 ha og udgør dermed langt størstedelen af kommunens samlede søareal. De fleste mindre søer er opstået som følge af tørve- og anden råstofgravning samt pga. opstemninger. Der er planer om at genskabe Søborg Sø, der blev delvis afvandet i 1790’erne og helt tørlagt i 1872‑76.
Der er 538 km vandløb i kommunen, hvoraf de 481 km er omfattet af Naturbeskyttelseslovens vandløbsbestemmelser. Dertil kommer 40 km rørlagte vandløb og mange kilometer små grøfter.
For at opfange især fosfor og forbedre vandkvaliteten i Arresø blev der 1986‑99 etableret en række lavvandede engsøer i lavninger omkring Pøleå, heriblandt Solbjerg Engsø og Alsønderup Enge. Henholdsvis 29 og 19 ha af de to søer ligger i Gribskov Kommune. Derudover blev tidligere drænede eng- og markarealer i Holløse Bredning ved Ellemose syd for Tisvilde omdannet til en 83 ha stor sø.
Især engsøerne har med tiden udviklet sig til værdifulde naturområder. Ynglefuglene omfatter toppet lappedykker, knopsvane, gravand, gråand og troldand. Om foråret og sommeren lægger fiskeørn ofte vejen forbi søerne, mens havørn kan ses året rundt. I træktiden benytter flere forskellige andefugle engsøerne som rasteplads, og om vinteren kan man bl.a. opleve vandstær, blå kærhøg samt lille og stor skallesluger. Både åen og søerne er desuden levested for en voksende bestand af bævere.
