Guldborgsund Kommune har 2.922 søer, som er over 100 m2. Tilsammen dækker de ca. 804 ha eller blot 0,9 % af kommunens areal. Af disse er 127 på over 1 ha, og 16 er over 10 ha. De største søer er tre af søerne i søkomplekset Maribosøerne. Det er dog kun Hejrede Sø på ca. 51 ha, som ligger helt i Guldborgsund Kommune. Dens vandspejl reguleres via en pumpestation. De to øvrige søer er Søndersø på ca. 852 ha og Røgbølle Sø på ca. 197 ha, og her er det kun søernes østlige del, der ligger i kommunen. For Søndersøs vedkommende er det omkring en tredjedel, der ligger i Guldborgsund Kommune, og arealet omfatter også søens største ø, Borgø. Søerne er af international betydning for flere arter af ynglende og rastende vandfugle og er desuden voksested for den sjældne vandplante stor najade.
I Guldborgsund Kommune er der ca. 760 km offentlige vandløb. Hertil kommer et stort antal private vandløb, grøfter og kanaler. Generelt er vandløbene præget af lav vandføring om sommeren, ringe fald og organisk belastning. I skovene på Falsters østkyst finder man dog flere kildefødte vandløb, hvor der lever en række af de døgnflue-, guldsmede- og vårfluearter, som kendetegner et rent vandløb. Der er flere åsystemer i kommunen. Det gælder bl.a. Flintinge Å, Frejlev Å og Sakskøbing Å på Lolland samt Fribrødreå og Tingsted Å på Falster. Fælles for dem alle er, at de er påvirket af tidligere tiders regulering af vandløb.
