Høje-Taastrup Kommune er ret søfattig. I alt findes der 390 søer på mindst 100 m2, som tilsammen dækker 125 ha, svarende til 1,6 % af kommunens areal. Alle søerne er småsøer og vandhuller. De to største er Flintesø på ca. 11 ha i Hedeland Naturpark og Hakkemosesø på ca. 5,8 ha i Hakkemose nord for Høje Taastrup.
Der er 14 kommunale vandløb. De mindre vandløb afvander til enten Maglemose Å og Hove Å, som løber til Roskilde Fjord, eller til Store Vejleå, som løber til Køge Bugt. Næsten alle vandløbene er næringsbelastede i en vis grad, og kun Marbjerg Bæk er i god økologisk tilstand. Den seneste undersøgelse fra 2017 viser dog, at der i forhold til tidligere undersøgelser er en begrænset fremgang i vandløbenes tilstand.
