Helsingør Kommune har ingen større vandløbssystemer, og de fleste vandløb er mindre åer, bække og grøfter. Heraf er Gurre Å og Egebæk de største. Vandløbene er generelt belastet af regnvandsudløb, vejvand og lokal spildevandsudledning. Derudover er langt de fleste af dem enten regulerede eller rørlagte. Som led i kommunens genopretningsplaner skal nogle af de rørlagte vandløb dog helt eller delvis fritlægges igen. Ud af den samlede vandløbsstrækning er de 214 km beskyttet af Naturbeskyttelsesloven.
Der findes 732 søer med et areal på mindst 100 m2 i kommunen. Tilsammen dækker de 748 ha, svarende til ca. 6 % af kommunens areal. Flere småsøer og damme er rester af større vådområder, som er blevet afvandet og tørlagt. Selv store søer som Gurre og Hornbæk Søer har været langt større, end de er i dag. I den nordlige del af kommunen trues søerne af grundvandsindvinding. Bortset fra Hornbæk Sø og den nordøstlige del af Esrum Sø, der ligger omgivet af hhv. sommerhusområder og åbent landbrugsland, ligger de fleste større søer i skovområder.
Kommunen rummer også flere brunvandede søer, hvis brune vand skyldes et højt indhold af humusstoffer. Denne søtype ligger især på tørvejord i skovene, og langs bredden har tørvemosserne ofte dannet hængesæk. Klare Sø og Sorte Sø i Teglstrup Hegn er begge brunvandede søer med et bemærkelsesværdigt dyreliv, som bl.a. omfatter stor rovedderkop og flere sjældne arter af vandkalve og guldsmede.
