Med blot 35 søer på mindst 100 m2 er Hvidovre Kommune ret søfattig. Tilsammen dækker søerne 9 ha, hvilket svarer til ca. 0,4 % af kommunens areal. De fleste af søerne er kunstigt skabte vandhuller og småsøer i bl.a. Mågeparken, Kystagerparken og på Avedøresletten. Kommunens eneste større sø er Rebæk Sø.
Vandløbene i kommunen er også fåtallige. Fæstningskanalen i Vestvolden strækker sig gennem den vestlige del af kommunen fra Holbækmotorvejen i nord til Mågeparken i syd. På visse dele af sit løb klassificeres den som både sø og vandløb, men i Hvidovre Kommune anses det meste af kanalen for et vandløb. Kommunens andet store vandløb er Harrestrup Å, som markerer grænsen mod Københavns Kommune i øst. Herudover er der kun mindre vandløb i kommunen.
