Kerteminde Kommune har 1.305 søer på mindst 100 m2. Tilsammen dækker de 227,2 ha, hvilket svarer til lidt over 1 % af kommunens areal. Langt størstedelen er småsøer og vandhuller, og da mange af dem ligger spredt i det intensivt opdyrkede landskab, er de ofte kraftig næringsbelastede. Vandhullerne på kysten og i skovene er derimod ofte i god miljøtilstand.
Ud over søer og vandhuller rummer kommunen også 170 km åbne og 40 km rørlagte offentlige vandløb. De fleste vandløb er små med en bredde på mindre end 2 m, og mange af dem er blevet udrettet eller rørlagt for at øge afvandingen af landbrugsarealerne. Kommunen har dog også vandløb af høj kvalitet med en stor mangfoldighed af fisk og smådyr. Det gælder især Geelså og Vindinge Å samt Vejrup Å, som dog kun rammer kommunen på en kort strækning langs grænsen til Odense Kommune.
