De ferske vande i Lolland Kommune udgøres først og fremmest af det store søområde Maribosøerne. Ud over Maribosøerne er kun Vesterborg Sø på Nordvestlolland med sine ca. 21 ha af betydning. I alt udgør søerne i Lolland Kommune 1.417 ha.
På det flade Lolland er åsystemerne stærkt menneskepåvirkede pga. dræning, afvanding og rørlægning. Eksempelvis kan nævnes, at hele udtørringen af Rødbyfjord fra 1927 afvander ca. 20.000 ha gennem et gravet kanalsystem, hvor alene hovedkanalerne har en længde på 86 km. Generelt er åer og kanaler i Lolland Kommune først og fremmest indrettet på afledning af vand fra landbrugsarealerne, og kun en mindre del er biologisk værdifulde. Hunså på ca. 7 km, der afvander Maribosøerne til Smålandsfarvandet, og Halsted Å på ca. 10 km, der leder vandet fra Vesterborg Sø til Indrefjord, har dog stor betydning som faunapassager. I den nordlige del af Lolland Kommune har åerne et beskedent naturligt fald til Smålandsfarvandet, mens vandet i den sydlige del af kommunen pumpes ud i Østersøen.