Der er 122 søer på mindst 100 m2 i Lyngby-Taarbæk Kommune. Tilsammen dækker de 381 ha, hvilket svarer til knap 10 % af kommunens areal. De tre største søer er Furesø på 941 ha, Bagsværd Sø på 119 ha og Lyngby Sø på 59 ha. Lyngby-Taarbæk Kommune ejer Lyngby Sø, men må geografisk dele både den og de to andre med nabokommunerne. De resterende søer er alle mindre søer, mølledamme og vandhuller.
Af kommunens 2‑3 offentlige vandløb er Mølleå langt det største. Det andet er den lille Hvidørebækken, som mellem Ermelund og Klampenborg Galopbane løber på grænsen til Gentofte Kommune. Dertil kommer Fæstningskanalen, som i visse sammenhænge også klassificeres som et vandløb. Ud over de offentlige vandløb rummer kommunen desuden flere små, private vandløb.
