Der er knap 1.000 søer på mindst 100 m2 i Roskilde Kommune. Langt flertallet er småsøer og vandhuller, men kommunen rummer også enkelte store søer. Blandt de største er især Store Kattinge Sø på 71 ha og Svogerslev Sø på 24 ha, som begge må deles med Lejre Kommune, samt Gundsømagle Sø på 32 ha længst mod nord. Karakteristisk for kommunens sølandskab er også de mange søer, som er opstået i tidligere grusgrave. Nogle af grusgravssøerne er så rene, at de også fungerer som badesøer. Det gælder Lynghøjsøerne i den tidligere Svogerslev Grusgrav samt Himmelsøen i Darup Grusgrav syd for Roskilde.
Ud over søerne har kommunen også ca. 130 km offentlige vandløb samt et ukendt antal private vandløb, dræn og grøfter. Til de største vandløb hører bl.a. Hove Å, Værebro Å og Langvad Å/Kornerup Å. I nord gennemløber Hove Å Gundsømagle Sø på sin vej mod udløbet ved Salvadgård, mens Værebro Å løber på grænsen til Egedal og Frederikssund Kommuner. Langvad Å udspringer derimod ved Gadstrup i syd, hvorfra den løber vestpå gennem Ramsødalen og derefter forlader Roskilde Kommune. Ved Øm skifter åen navn til Kornerup Å, som atter rammer kommunegrænsen ved Svogerslev, inden den løber gennem Svogerslev Sø og Lille Kattinge Sø for at løbe ud i Roskilde Fjord ved Kattinge Værk i nordvestenden af Store Kattinge Sø. Viby Å, som passerer Viby og Dåstrup i syd, løber ved Osted til Lavringe Å, der fortsætter nordpå ud af kommunen og op til Lejre, hvor den løber ud i Kornerup Å.
Der er planer om at anlægge en ny å parallelt med Gedebæksrenden fra Store Kattinge Sø, gennem Rørmose og lavbundsarealerne ved Psykiatrisk Center Sct. Hans til Roskilde Fjord. En ny å vil bl.a. lette den opgang af havørred i Langvad Å/Kornerup Å, som i dag må foregå gennem en fisketrappe ved Kattinge Værk.
