Silkeborg er landets mest sørige kommune med 2.866 søer på mindst 100 m2. Tilsammen dækker de 2.680 ha, svarende til ca. 3 % af kommunens areal. Søerne varierer meget, og de fleste danske søtyper er repræsenteret i kommunen. Således spænder de 51 større søer samt de talrige småsøer og vandhuller over alt fra rene lobeliesøer og brunvandede skovsøer til naturligt næringsrige søer.
Kommunens største og mest dominerende vandområde er Silkeborgsøerne, som fra syd til nord gennemløbes af Gudenå. I alt huser kommunen ca. 445 km større vandløb, hvoraf de fleste indgår i Gudenåsystemet. Det gælder bl.a. Hinge Å/Alling Å, der gennemstrømmer Hinge Sø og Alling Sø og løber forbi Grønbæk og ud i Gudenå lidt syd for Kongensbro. Vest for Silkeborg løber Funder Å igennem først Ørnsø og siden Silkeborg Langsø, hvor den møder Gudenå, mens Salten Å i syd rammer Gudenå kort efter Salten Langsø.
Tidligere lå der flere dambrug langs især Salten Å og Funder Å, men de fleste er nu nedlagt, og spærringerne fjernet. Det har forbedret både vandkvaliteten og vandrefiskenes bevægelse op og ned i vandløbene. Desuden har kommunen gennemført talrige projekter i de mindre vandløb, hvor man bl.a. har åbnet rørlagte strækninger og genslynget dele af vandløbene, som tidligere var udrettet.
I Silkeborg Kommunes rene vandløb støder man af og til på den lille, op til 18 cm lange, ålelignende fisk, bæklampret.
