På Stevns findes flere små vandhuller og gadekær, og nogle af disse har en interessant flora og fauna. På halvøen findes derimod kun en enkelt større sø, Møllesø ved Gjorslev Bøgeskov.
De fleste ferskvandsressourcer på Stevns er drænet og reguleret, men ellers var hydrologien på Stevns oprindelig enestående i nordeuropæisk sammenhæng. Området udgør en geologisk brudzone med sprækker i kalken og det underliggende jordlag. Under afsmeltningen i slutningen af istiden blev jorden derfor let eroderet af is og smeltevand. Det skabte grundlaget for bl.a. Tryggevælde Ådal. I stenalderen steg vandet imidlertid, så området i denne periode fremstod som en fjord. Men da dele af landet under og omkring fjorden med tiden hævede sig som følge af, at iskappen smeltede, omdannedes fjorden først til mose og senere til den ådal, der udgør det største ferskvandsområde på Stevns i dag.
