Svendborg Kommune har 2.073 søer på mindst 100 m2. Tilsammen dækker de 468 ha, svarende til 1,1 % af kommunens areal. En betydelig del af søarealet udgøres af Sørup Sø, Hvidkilde Sø, Nielstrup Sø og Ollerup Sø, som ligger på stribe i bunden af en tunneldal fra sidste istid vest for Svendborg. Istiden har også sat sit aftryk på søarealet i form af det dødishul, som i dag rummer Gudme Sø.
Bortset fra enkelte mindre søer præges kommunens søer af næringsbelastning i varierende grad. Det gælder især Ollerup Sø og Gudme Sø, der tidligere har modtaget store mængder husspildevand. I dag er de stærkt belastede, hvilket bl.a. fører til regelmæssige opblomstringer af blågrønalger sidst på sommeren.
Ud over søerne rummer kommunen et netværk af vandløb, hvoraf de ca. 250 km er beskyttet af Naturbeskyttelseslovens § 3. Blandt de længste vandløb er Vejstrup Å, Stokkebæk og Hundstrup Å, som er forholdsvis hurtigt strømmende vandløb med god vand- og naturkvalitet. Havørreder og andre vandrefisk er dog udfordret af spærringer i mange af vandløbene, om end der er gjort en indsats for at fjerne spærringer i bl.a. Vejstrup Å, Syltemade Å og Egenabbe Bæk. Til gengæld er tidligere tiders udretninger for længst ophørt, og lange vandløbsstrækninger har fået deres slyngninger tilbage.
