Vandløb og søer udgør 1,7 % af Vordingborg Kommunes areal. Vandløbene har en længde på omkring 400 km, heraf er ca. 150 km offentlige. De længste vandløbssystemer udgøres af Mern Å og Tubæk, der munder ud i hhv. Bøgestrøm og Præstø Fjord. I den vestlige del af kommunen findes en række kanaler, der afvander de store lavbundsområder omkring Køng og vest for Ørslev. Vordingborg Kommunes mange mindre vandløb rummer bestande af havørreder, fx Mern Å, Vintersbølle Bæk og Stensby Møllebæk.
Vordingborg Kommune har 3.623 søer og vandhuller, der i alt dækker 4.480 ha. Det er dog kun et mindre antal af søerne, som er større. Det gælder fx Ugledige Sø, Even, Hulemose Sø ved Nyråd og søerne på Høje Møn. De fleste af søerne er omgivet af skov og ses derfor kun på nært hold, når man færdes i landskabet.
