Den ca. 27 km lange Flynder Å udspringer nord for Fabjerg. Herfra løber åen mod syd og sydvest gennem Klosterheden, hvor en opstemning midt i skoven har skabt Møllesøen. Fra Klosterheden fortsætter åen sydpå til Bækmarksbro, hvor den drejer mod vest og gennemløber først Tangsø og derefter Indfjorden. Åens nederste strækning fra Indfjorden til udløbet i Nissum Fjord kaldes Færgen. I Klosterheden har åen et forholdsvis naturligt forløb, mens den i nord og syd er delvis reguleret. Tidligere var der tre opstemninger i forbindelse med dambrug, men de er nu fjernet, og åen er lagt tilbage i et mere naturligt, mæandrerende forløb.
Åens planteliv omfatter bl.a. mannasødgræs, vedbendvandranunkel, storblomstret vandranunkel, vandstjerne og sideskærm. I Møllesøen domineres vegetationen af grenet pindsvineknop. Butbladet vandaks er den dominerende vandplante i Tangsø, men søen huser også flere sjældne arter som den rødlistede vandpeberbækarve. I den brakvandede Indfjorden er hjertebladet vandaks og akstusindblad de mest almindelige arter. Fiskebestanden i Flynder Å omfatter bl.a. bæklampret, aborre, grundling, skalle, strømskalle og bækørred samt trepigget og nipigget hundestejle. Både bjergvipstjert og isfugl yngler ved Møllesøen, og her kan man om vinteren også møde vandstæren. Flynder Å har desuden en god bestand af odder, ligesom bæverne sætter deres tydelige spor langs åen.
Møllesøen blev fredet i 1984, og nordsiden af Indfjorden og Færgen kanter fredningen af Krogshede Enge fra 1975. Såvel Færgen som Indfjorden er også en del af Nissum Fjord Vildtreservat. I Klosterheden indgår åen i habitatområdet Flynder Å og heder i Klosterhede Plantage, mens strækningen fra Bækmarksbro til udløbet er udpeget som habitat-, fuglebeskyttelses- og Ramsarområde.