I 1953 blev flyvepladsen indviet under navnet Flyvestation Skrydstrup, og i 1954 var flyvestationen oppe på normeret styrke, der bestod af tre eskadriller med i alt 75 jagerbombere af typen F84 Thunderjet. Dermed blev Skrydstrup hurtigt en af Flyvevåbenets vigtigste installationer. Gennem årene blev basen opgraderet og udbygget betydeligt, og i 1970’erne og 1980’erne blev der med støtte fra NATOs infrastrukturmidler opført et stort antal stålbetonhangarer, der skulle beskytte flyene på basen mod angreb. I de anlæg, der står på og omkring flyvestationen, er der radarstation samt ammunitions-, brændstof og materieldepoter. Dertil kommer store værkstedsbygninger.
Arealmæssigt er flyvestationen en af Danmarks største flyvepladser, hvilket særligt skyldes dens tre store start- og landingsbaner. De er alle 3,5 km lange og med en bredde på hhv. 25 m, 35 m og 50 m. Den bredeste bane tillader således, at to fly kan lette og lande samtidigt. Skrydstrups dimensioner sammen med de mange bygninger og anlæg, der vidner om militærarkitektur og den hastigt skiftende luftteknologi fra 2. Verdenskrig til nutiden, gør flyvestationen til et historisk interessant anlæg. Mange af Flyvevåbenets flytyper gennem årene har været stationeret her, bl.a. kampflyene F-84G Thunderjet, Hawker Hunter og F-100 Super Sabre. Hertil kom T-33A jettrænere samt T-17- og Chipmunk-propelfly. En Thunderjet står ved flyvestationens hovedport som et vartegn.
Særligt i den periode, hvor Flyvevåbenet var under hastig opbygning, og hvor jetflyteknologien var forholdsvis ny, forekom jævnligt havarier. En væsentlig del af disse var med dødelig udgang og involverede fly, som havde base på Skrydstrup. I december 1955 styrtede en F-84 jagerbomber ned ved Skrydstrup, og i august 1968 skete det samme for et F-100 ca. 10 km fra flyvestationen.
