Forsvarskommandoen, den øverste militære ledelse af Forsvaret, har siden 2006 ligget i centrum af København. I Forsvarskommandoen, som står under kommando af forsvarschefen, indgår Forsvarsstaben, hvis ansvar er den overordnede planlægning og udsendelse af styrker, samt de forskellige værn og andre militære myndigheder, der refererer til forsvarschefen. Aktuelt er der tale om fem værn: Hæren, Søværnet, Flyvevåbnet, Specialoperationskommandoen og Arktisk Kommando samt de tre selvstændige myndigheder Forsvarsakademiet, Forsvarets Sanitetskommando og Forsvarets Vedligeholdelsestjeneste. Forsvarschefen er ud over at have ansvaret for ovennævnte også ansvarlig for at yde militærfaglig rådgivning til Forsvarsministeriet.
I 2014 besluttede Folketinget, at forsvarschefen og en væsentlig del af dennes stab skulle placeres fysisk i Forsvarsministeriet. Indtil da havde Forsvaret haft større afstand til det politiske niveau, både fysisk og organisatorisk. Fra 2006 og frem til ændringen i 2014 havde forsvarschefen og Forsvarskommandoen således domicil i Søarsenalet på Holmen, og før det havde det til huse i et større bygningskompleks i Vedbæk godt 20 km nord for København. Den nuværende adresse er i Forsvarsministeriets bygning på Holmens Kanal i Indre By.
Samlet set var der i 2019 knap 19.000 medarbejdere inden for Forsvarskommandoens ansvarsområde, men kun en lille del af dem har arbejdsplads i Forsvarsministeriet.
