I århundreder var der færgefart mellem Pinen (ca. 3 km syd for Glyngøre) og Plagen (ca. 5 km syd for Nykøbing M). Men da man gik over til at anvende dampfærger, var der behov for egentlige færgelejer, og Glyngøreodden blev da anset for det bedste færgested på Sallings vestkyst. Havnen blev anlagt i 1872, og færgefarten begyndte i 1873. I 1884 blev Glyngøre desuden endestation for Sallingbanen, der løb mellem Skive og Glyngøre, og i 1889 blev der åbnet en jernbanefærgerute mellem Glyngøre og Nykøbing M; samme år overtog staten ansvaret for havnen.
Endnu i 1880’erne lå der kun få huse i Glyngøre, men i 1921 var antallet vokset til 138 gårde og huse med 602 indbyggere, og byen havde nu bl.a. kirke (opført 1918‑19), skole, brugsforening og to købmandshandler, to afholdshoteller, motorfabrik, fiskeeksport, skibsbyggeri samt el- og vandværk. I 1922 blev Glyngøre et selvstændigt sogn.
Efter befolkningsmæssig stagnation i 1920’erne og 1930’erne og moderat vækst i de følgende årtier nåede befolkningstallet i 1960 op på 930, hvilket var halvdelen af indbyggertallet i den daværende Nautrup-Sæby-Vile Kommune. Glyngøre var da også hjemsted for kommunekontoret, og byen rummede desuden bl.a. kommunens centralskole (fra 1953), et missionshus (fra 1943), en sportsplads, et hvilehjem, en biograf og to hoteller. Af særlig betydning for byens udvikling var konservesfabrikkerne Glyngøre Fiskeindustri og Limfjords Muslingekompagniet, som blev etableret af Tage Priess m.fl. i hhv. 1939 og 1944. I midten af 1960’erne beskæftigede disse virksomheder mere end 500 medarbejdere, og der blev da oprettet filialer flere andre steder i Nord- og Nordvestjylland.
Befolkningsvæksten fortsatte efter 1970, og i 1999 havde Glyngøre 1.626 indbyggere. Vanskelige tider for dansk fiskeindustri førte til, at Tage Priess’ sønner solgte deres to virksomheder i hhv. 1987 og 1991, men Royal Greenland fortsatte produktionen i byen, om end i nedsat omfang, indtil 2013. Højttalerfabrikken Jamo, der blev etableret i 1960’erne, nåede op på mellem 400 og 500 medarbejdere i 1996. Fem år senere blev Jamo solgt, og produktionen blev herefter flyttet til Kina. To andre store virksomheder er Skov, som producerer ventilationsanlæg og produktionssystemer til fjerkræ- og svinebesætninger, og arkitekt- og byggefirmaet Bodilsen Totalbyg. Disse to virksomheder har været i Glyngøre siden hhv. 1979 og 1974.
