Den næringsrige, lavvandede Gundsømagle Sø ligger lige sydøst for Gundsømagle, ca. 11 km nord for Roskilde. I slutningen af 1700-tallet dækkede søen ca. 220 ha, men en vandstandssænkning i 1840’erne, der skulle forbedre høslættet på de omkringliggende enge, førte sammen med naturlig tilgroning til en betydelig reduktion af vandarealet. I dag har Gundsømagle Sø et areal på beskedne 32 ha med en middeldybde på 1,2 m og en størstedybde på 1,9 m. Den gennemstrømmes af Hove Å, der løber til søen i øst og forlader den i vest. Fugleværnsfonden købte søen og dens nærmeste omgivelser i 1984, men ellers er de fleste arealer omkring søen privatejede.
Gundsømagle Sø kantes hovedsagelig af mose, men i øst er der også en del fersk eng. Mose- og engarealerne øst for søen græsses af kreaturer og har stedvis en artsrig kærvegetation med bl.a. mosetroldurt og flere arter af orkidéer. Derudover rummer søen meget store rørskove, som bl.a. kan opleves ad en ca. 300 m lang gangbro.
Tidligere havde søen en rig undervandsvegetation med tætte bestande af tusindblad, vandranunkel, hornblad og vandrøllike. En omfattende udledning af spildevand op gennem 1950’erne, 1960’erne og 1970’erne har dog efterladt et tykt lag næringsrigt slam på bunden af søen. Når næringsstofferne i slammet frigives, sker der kraftig algevækst, hvilket mindsker sigtdybden og dermed lyset, som vandplanterne har brug for. Siden spildevandsrensningen blev forbedret i slutningen af 1990’erne, er søen langsomt ved at få det bedre.
Gundsømagle Sø er især kendt for sit rige fugleliv, og gennem tiden er der iagttaget mere end 200 forskellige fuglearter ved søen. Ynglefuglene tæller bl.a. toppet lappedykker, knopsvane, grågås, gråand, rørhøg og skægmejse, mens løvskoven på søens sydøstbred har ynglende natugler samt en række småfugle.
For at forhindre yderligere afvanding blev Gundsømagle Sø fredet i 1953. Efterfølgende er fredningen udvidet flere gange. Den seneste fredning er fra 1994 og omfatter ca. 375 ha, herunder selve søen samt de omkringliggende eng- og mosearealer. Derudover er næsten hele søen udpeget som habitat- og fuglebeskyttelsesområde.
Hos dunhammeren er frugtstanden »eksploderet « i dunede, fnokklædte nødder, som er klar til at blive spredt med vinden. Af fattigfolk er de bløde fnok bl.a. blevet udnyttet til pude- og dynefyld, men de er også populære som redefyld hos rørspurven, som her plukker den ene næbfuld fnok efter den anden. Både rørspurve og dunhammere er talrige langs søer og vandløb i det meste af kommunen, ikke mindst i de store rørskove omkring Gundsømagle Sø og Lille Kattinge Sø.
