De ældste, prækvartære aflejringer i kommunen ligger 50‑100 m under jordoverfladen og består overvejende af 75‑125 m tykke lag af kalk fra Danien. Under disse lag findes skrivekridt fra Kridttiden. I ca. 50 m’s dybde mellem Snekkersten og Espergærde findes desuden ler og grønsandskalk fra Selandien.
Istidsaflejringerne, som dækker langt størstedelen af kommunen, består af moræneler samt smeltevandssand, -grus og -ler. Langs kommunens kyster findes mange steder hævede havaflejringer fra Littorinahavet (Stenalderhavet). Aflejringerne, som ved Helsingør når en tykkelse på op til 325 m, kan ses i de høje, kystnære skrænter.
Grundvand indvindes overvejende fra Danienkalk samt fra smeltevandssand og -grus.
