Både den lange kyst ud mod Øresund og den store Esrum Sø påvirker klimaet i kommunen og giver mere sol om sommeren og mindre temperaturudsving året rundt. Ved østenvind kan det svenske fastland på den anden side af sundet dog resultere i mere varme om sommeren og mere kulde om vinteren.
Det kuperede terræn i den sydlige del af kommunen samt skovområderne omkring Gurre Sø er med til at give mere nedbør i disse områder. Selv om langt de fleste måneder ligger blandt de tørreste i landet, er kommunen i juni den femtevådeste. Det skal dog tages med et vist forbehold, da gennemsnittet påvirkes af den meget regnfulde juni i 2009. Set over hele året ligger nedbøren i Helsingør Kommune noget under landsgennemsnittet.
Temperaturen ligger tæt på landsgennemsnittet, og ingen måneder er hverken særlig varme eller kolde. Til gengæld har kommunen flere solskinstimer end landet som helhed, og i de fleste måneder ligger Helsingør Kommune i landets solrigeste halvdel.