Hinnerup består dels af Hinnerup Nord i Haldum Sogn og Hinnerup Syd eller Gammel Hinnerup i Grundfør Sogn. Hinnerup Syd på den østre side af Lilleå havde i 1682 fire gårde og to huse. Frem til 1960’erne var byen stadig en landsby, der i 1965 havde 411 indbyggere, hvorefter den begyndte at smelte sammen med Hinnerup Nord.
Ved anlæggelsen af Den Østjyske Længdebane blev der i 1862 opført en station på Hinnerup Brogårds jorder i Haldum Sogn. Omkring stationen voksede stationsbyen Hinnerup Broby frem. Den var afgrænset mod vest af Hinnerup Skov og mod øst af Lilleå. Byens fremvækst havde først og fremmest sin årsag i Frijsenborgs cellulosefabrik, bygget i 1874, og anden industri, og der kom skole, realskole, læge, elværk, fabrikker, handel og håndværk.
I 1911 var der 518 indbyggere, og dette tal voksede til 687 i 1921 og til 1.564 i 1965. Hinnerup Broby skiftede i løbet af 1940’erne navn til Hinnerup, og Hinnerup Syd blev til Gammel Hinnerup. Fra 1960’erne blev der løbende udstykket store arealer til parcelhusgrunde.
Hinnerup blev i 1967 administrativt center i Hinnerup Kommune. Byen voksede, og i Hinnerup Syd opstod der parcelhuskvarterer (fx Rønvangen og Egevænget) og erhvervskvarterer. Bygninger til offentlige formål blev opført, eksempelvis et fritidscenter nord for Hinnerup-Badet, der åbnede i 1993, og midtbyen blev udvidet med et centerområde i 1990’erne. Udviklingen fik befolkningstallet til at stige fra 2.061 i 1970 til 7.040 i 2006.
Hinnerup Station blev lukket i 1979, selv om byens folketal da var firedoblet på 20 år. Den åbnedes først igen i 1994.