Mellem Skallesø og Flyndersø ligger den ca. 80 ha store Hjerl Hede, hvis sydlige del huser Frilandsmuseet Hjerl Hede med Jydsk Skovmuseum og Mosebrugsmuseet. Heden ligger på en gammel hedeslette, og den karrige vegetation er helt domineret af hedelyng. Gentagne angreb af lyngbladbille, som æder bladene og slår hedelyngen ihjel, gjorde det nødvendigt at slå vegetationen maskinelt. Det skabte en ensartet hedevegetation, og for at øge mangfoldigheden i plantelivet har man i dag erstattet den maskinelle slåning med græssende får. Hele området omkring Flyndersø er bl.a. karakteriseret af et stort antal dødishuller, som på Hjerl Hede ofte har haft karakter af højmoser. Selv om de er blevet helt eller delvis ødelagt af tørvegravning, rummer mange af dem stadig en karakteristisk højmosevegetation med bl.a. hvid næbfrø, tranebær, rundbladet soldug, rosmarinlyng og flere arter af tørvemosser.
Hjerl Hede ejes af Hjerl-Fonden og blev fredet i 1967 som en del af Flyndersøs omgivelser. Derudover indgår en del af Hjerl Hede i habitatområdet Hjelm Hede, Flyndersø og Stubbergård Sø.
