Bydelen Indre By udgør den ældste del af København og har nok den mest sammensatte bebyggelse. Biskop Absalons opførelse af en borg på Slotsholmen (nuværende Christiansborg) fra ca. 1167 fik stor betydning for bydelens videre historie. Københavns betydning voksede fra 1400-tallet, og det førte til koncentrationen af statens administration på Slotsholmen, der også blev centrum for militæret samt for handel og kultur.
Men Absalons København var ikke den første bebyggelse. Nye arkæologiske fund peger på en permanent bosættelse med begravelsesplads og håndværk fra første halvdel af 1000-tallet. Bosættelsen er fundet i området mellem de to nu forsvundne tidlige middelalderlige kirker Sankt Clemens Kirke, ved Strøgets vestende, og en ukendt kirke, som er fundet ved den nordlige ende af Rådhuspladsen. Byens ældste eksisterende gadeforløb, nuværende Vestergade og Nørregade, krydser hinanden og følger i dag stadig det tidlige gadenet, der ligger enten på langs af eller vinkelret på terrænets højdekurver. Ved krydset mellem de to gader ligger Gammeltorv, i århundreder byens centrale marked og fra slutningen af 1400-tallet også rådhusplads. Bebyggelsen blev i højmiddelalderen omgivet af en halvkredsvold. I løbet af middelalderen blev der opført endnu tre kirker samt tre klostre: et franciskanerkloster, et helligåndskloster, der var et tidligere helligåndshus, og Sankt Clara Kloster. Hvor Caritasspringvandet står i dag, var kagen (pælen) til afstraffelse, og bag rådhuset var dyrehold og slagtning og en plads, der i 1606 blev til Nytorv. Det gamle rådhus blev lejet ud til universitetet, som Christian 1. havde oprettet i 1479.
I bydelens østligste ende blev anlæggelsen af Sankt Annæ Skanse påbegyndt i 1626. Den var en forløber for fæstningen Kastellet, opført 1662‑65. I nærheden heraf opstod Ny-København, som blev til ved Københavns store udvidelse under Christian 4., hvor også Nyboder, der skulle tjene som boliger for Flådens faste mandskab, indgik; bebyggelsen blev opført i årene 1631‑41. 1600-tallets tydeligste materielle spor er Christian 4.s bygningsværker såsom Rundetårn (1642), Regensen (1628) og Børsen (1619‑23). Allerede i begyndelsen af 1600-tallet opførtes Rosenborg Slot som kongeligt lysthus uden for den daværende by, hvor haven bl.a. leverede blomster og grønt til hoffet. Indre Bys sydøstligste grænse er Christianshavn, som blev anlagt i 1618 af Christian 4. 1600-tallet havde også et omdrejningspunkt omkring Amagertorv, opkaldt efter bønderne fra Amager, der afsatte deres varer her, hvor nogle af renæssancens købmænd rejste de karakteristiske bygninger. De lå både på det nuværende Strøget og i Læderstræde, hvor også de første synagoger blev opført for de jødiske købmænd, som Christian 4. inviterede til byen.
Senere i 1600-tallet udfoldede Christian 5. det statelige Kongens Nytorv anlagt omkring 1670 med rytterstatuen af Christian 5. som sit omdrejningspunkt. Omkranset af Charlottenborg og en række andre palæbygninger får man her indtrykket af enevældens adel og højborgerskab. Mod øst glider kvarteret langs Bredgade og Toldbodgade over i Frederiksstadens stramt planlagte kvarter. Anlæggelsen af Frederiksstaden blev besluttet af Frederik 5., heraf navnet, og blev senere sat i forbindelse med det oldenborgske kongehus’ 300-års regeringsjubilæum i 1748.
Da byens hidtil største brand i 1728 tog rådhuset, og i 1795 også dets efterfølger, stod det klart, at en åben plads var mere brandsikker. Derfor anlagdes råd- og domhuset ved Nytorvs østlige hjørne. De store brande prægede i det hele taget 1700-tallets Indre By. På den tidligere plads for gråbrødreklosteret blev der efter branden i 1728 opført de såkaldte ildebrandshuse. Torvets vestside er derimod præget af huse opført efter englændernes bombardement i 1807. Andre spor af brandene findes i kvarteret mellem Nytorv og Stormgade med husenes knækkede hjørner efter regulativ fra 1795-branden, så sprøjtevognene lettere kunne komme frem. Ved englændernes bombardement blev Vor Frue Kirke ødelagt, og ved genopførelsen blev dens gamle kirkegård omdannet til to pladser, Dyrkøb i syd og Frue Plads mod universitetet i nord. Med brandene opstod også gader som Frederiksberggade.
På dette foto fra ca. 1905 ses Adelgade med tværgaden Helsingørgade. På hjørnet ligger Café Det skarpe Hjørne. Den høje skorsten i baggrunden stammer fra Gothersgade Elværk, der var blevet anlagt i 1892. Siden blev bebyggelsen i Adelgade sammen med Borgergade helt ændret ved en omfattende sanering, da husene på det tidspunkt var i en elendig tilstand, og Helsingørgade blev ved samme lejlighed sløjfet.
